В/ч не является указом военкомату и отношение, по большому счету, ни куда не упрется. К тому же из части обязательно должен приехать покупатель, а за тобой одним он вряд ли поедет. Все это необходимо делать заблаговременно. Военкомату может приказать штаб военного округа. Вот туда из в/ч и нужно писать. Либо заранее договориться в в/ч, чтобы за новобранцами ехали именно в твой регион.
По поводу дискинезии, так у меня она с самого детства и служить не мешала. Карточки детской, соответственно всех записей об этом деле не было. И никто об этом даже не знал. И вообще впервые слышу, что это как-то может повлиять.