С момента создания военной разведки (имеется в виду в СССР) подготовка партизанских кадров было одним из основных направлений ее деятельности.
Сразу после окончания гражданской войны была создана т.н. Нелегальная Военная Организация (НВО),  занимавшаяся подготовкой и  заброской на территорию Польши, Румынии, Болгарии, Германии разведывательно-диверсионных (партизанских) подразделений – данное направление в дальнейшем получило название «активная разведка».
После свертывания деятельности активной разведки на территории сопредельных государств, в конце 20-х годов началась подготовка партизанских кадров на территории западных областей Украины, Белоруссии, Ленинградской обл., Карелии и Севере. Подготовка партизанских отрядов (как руководящих кадров, так и специалистов :подрывников, радистов, разведчиков) велась в специальных школах, как по линии ОГПУ, так и по линии Разведупра  РККА. Причем, работа по данной теме не ограничивалась подготовкой в школах, диверсанты участвовали в маневрах регулярных частей РККА. В 1935 г. в штате РУ РККА был создан т.н. отдел «А» (активная разведка), который,  в том числе, осуществлял деятельность по подготовке партизанских подразделений для действий в «угрожаемый» период. К сожалению, из-за изменений в военной доктрине к концу 30-х годов вся деятельность по подготовке партизан была свернута, школы  и партизанские отряды расформированы, многие документы и пособия уничтожены.
Во время ВОВ подготовкой и заброской в тыл противника разведдиверсионных формирований занимались как и в НКВД-НКГБ, так и в РУ РККА.  К сожалению, о деятельности разведчиков-диверсантов по линии военной разведки известно не так много, хотя они провели не меньше успешных операции, чем их коллеги-чекисты. Например, уничтожение.гауляйтера Белоруссии Кубе было осуществлено агентурой военной разведки.
Что же касается современности, то скорее всего подготовка партизанских формирований
также  входит в сферу интересов военной разведки. Отрывочные сведения о командировках офицеров ГРУ в страны, в которых велась национально-освободительная (партизанская) борьба – тому подтверждение.
С ув.Тех

Да,  подготовка партизанских отрядов является одной из приоритетных задач военной разведки, но отнюдь не СпН. Их основная задача поиск и уничтожение объектов, т.е. диверсии. А вот в качестве инструкторов для партизан выступали как раз гэбэшники. Хотя СпН также может привлекать местное население для выполнения задания. Однако если я правильно помню, обучать их правилам партизанской борьбы не входит в первоочередной список задач СпН.
Если нужно поточнее могу сообщить.

Вообще помощь партизанам, организация повстанческого движения входит в одну из задач СпН, но не является приоритетной. Приоритетная задача - это разведывание, вывод из строя или уничтожения ОМП противника, в первую очередь ядерного оружия. В качестве инструктора могут выступать командиры РГ (разведывательных групп), как правило лейтенатнты, старлеи, капитаны. По согласованию с центром РГ заводит контакты среди местного (партизанского) ополчения, узнает ФИО (прозвеще) командира партизанского отряда, его заместителя и пр. активистов. Далее эти данные передаются в центр и там личности проверяются по базам данным ФСБ (если мы говорим про нашу страну) или некоторым другим на предмет благонадежности. Если центр дает добро, то РГ вступает в контакт с партизанами. От них можно получить ценную информацию о силах, средствах, дислокациях, перемещениях противника в районе, информацию о системе охраны, перевозках, поставках на какой-нибудь стратегический объект, входящий в круг интересов РГ, возможность выйти на одного из сотрудников работающих на данном объекте, лояльно настроенного к нашей стране. Кроме того РГ может распологаться и действовать с партизанских баз, что бывает очень удобно - не надо строить свои собственные, заготавливать продукты, таскать или делать тайники с боеприпасами, вооружением, средставми связи и взрывания.
Кроме того может осуществляться помощь со стороны рядовых разведчиков в обращении с оружием (например пристреливании), минно-взрывными средствами и пр. Со стороны командира РГ может быть оказана помощь в планировани специальных операций (на совместное взаимодействие РГ и партизанского или народно-освободительного движения нужна санкция центра). Вообще когда в районе работют партизаны, а затем приезжают более качественно подготовленыые специалисты, то по подчерку можно выдать свое прибытие, и тем самым спровоцировать врага на операции по поиску и унижтожению РГ (могут и как правило страдают партизаны и мирное население). По этой и прочим причинам (неблагонадежность партизан, плохая подготовка, отсутсвие мобильности) в подавляющем большинстве взаймодействие с партизанами весьма ограничено (только базы и информация).
В качестве военных советников командиры РГ выступали не раз, даже в том же Афганистане. Но тут они консультрировали вопросы тактики спецмерроприятий, и НИКОГДА не говорили, что надо поступать так-то и так-то. Командир партизан ВСЕГДА САМ принимал решение, но ему говорили плюсы, минусы, возможные потери в его решении и в своем, если оно отличалось. Однако ВСЕГДА решал командир партизан. Давить на него запрещалось, даже если он обрекал людей на верную гибель при альтернативе жизни.
Если РГ должна была действоать совместно с партизанами, но командир партизан в тактическом вопросе не соглашался с командиром РГ, то операция откладывалась или РГ проводила ее своими силами.

Особенно, если повстанческое движение организуется в почти дружественной стране  
Организация партизанского движения в таких случаях - это, вообще-то, вотчина внешней разведки. Инструктор СпН в стране, с которой нет войны (и не предвидется в ближайшее время) - это очень чревато.